Инициативой ведущих  ученых при поддержки руководства на базе университета создан и в настоящее время успешно функционирует научно-исследовательский  кластер, который включает 3 разнопрофильных центра и  5 лабораторий в области науки и образования.

Научно-исследовательский кластер является структурным подразделением университета, обеспечивающим современные условия научно-исследовательской деятельности магистрантов, докторантов и ППС.

Научные центры:

1. Научно-практический центр Илиястану.

2. Исследовательский центр «Философии науки и краеведения».

3. Региональный молодежный инновационный научно-исследовательский центр.

Научные-исследовательские лаборатории:

1. «Математики и новых технологий».

2. «Психофизиологии  человека».

3. «Региональных экологических исследований».

4. «Биофизического мониторинга  геофизической среды».

5. «Виртуальная  лаборатория».

В целом основная деятельность кластера заключается в  проведении фундаментальных и прикладных исследований, внедрении результатов научно-исследовательских работ в практику,  реализации права на объекты интеллектуальной собственности.  Также в обеспечении условий для осуществления инновационной, научно-исследовательский деятельности профессорско-преподавательского состава университета.

На базе кластера магистранты  и PhDдокторанты выполняют диссертационные работы.  На основе проведения научно-исследовательских работ выявляются будущие специалисты,  перспективные в области естественных, гуманитарных и технических дисциплин.

Научно-исследовательская работа  кластера  включает участие в разработке и реализации государственных,  региональных программ, инновационно-образовательных проектов по профилю деятельности Университета. 

Для  центров и лабораторий созданы условия для выполнения научно-исследовательских  работ, кластер оснащен современной материально-технической базой.

На базе кластера успешно выполняются исследования по Грантам Комитета науки МОН РК и по Грантам ректора ЖГУ.